Gegen beide Abkommen hatte sich Kubas früherer Präsident Fidel Castro während Jahrzehnten gewehrt. Sie sind international seit 1976 in Kraft.
Wie Pérez Roque nach der Unterzeichnung sagte, werden die in den beiden Abkommen spezifizierten Menschenrechte auf der Karibikinsel bereits "seit der Epoche der kubanischen Revolution von 1959 systematisch realisiert".
Der Schritt war von Pérez Roque bereits im vergangenen Dezember angekündigt worden. Damals kündigte der Außenminister auch an, ab 2009 auf der Karibikinsel Überprüfungen durch den UNO-Menschenrechtsrat zu erlauben. Der Menschenrechtsrat - Nachfolger der von Kuba früher stets abgelehnten UNO-Menschenrechtskommission - hatte erst im vergangenen Jahr Kuba von der schwarzen LIste der Länder mit schweren Menschenrechtsverletzungen gestrichen.
Vertreter der illegalen Opposition auf Kuba sprachen am Donnerstag von einer "Farce". Denn laut ihren Angaben sind auf der Karibikinsel immer noch rund 240 Menschen aus politischen Gründen in Haft. Das steht im Widerspruch zum UN-Abkommen über zivile und politische Rechte, das unter anderem die freie Meinungsäußerung garantiert.
Kuba hat die Existenz von Polithäftlingen bisher stets verneint und spricht stattdessen von "bezahlten Söldnern" der USA.